研究人员发现，CRISPR/Cas9在基因编辑中的脱靶效应通常与sgRNA密切相关。除了靶向位点外，sgRNA能够容忍5到6个碱基的错配，这可能导致非靶向切割，从而产生脱靶效应。基因组中可能存在成千上万个潜在脱靶位点，因此，全面评估全基因组范围内的脱靶效应成为一项重要挑战。

为了应对这一挑战，尊龙凯时推出了一项基于全基因组测序和生物信息学预测的技术，旨在分析基因编辑所导致的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）以及结构变异（SV）。近年来，全基因组测序技术已广泛应用于脱靶检测领域。例如，Kevin等人（2021）通过全基因组测序与生物信息学分析来评估Cas9的脱靶风险。他们对163个sgRNA进行了比较，发现其中的28个潜在脱靶位点中，有9个经Sanger测序验证为真实的脱靶位点。这项研究表明，尽管真实脱靶位点仅占潜在脱靶位点的一小部分，但风险依然不可忽视。

在此基础上，尊龙凯时结合基因组测序，推出了全基因组脱靶检测服务。我们使用mutect2作为变异分析工具，比较基因编辑组与对照组的测序数据，以鉴定SNV和Indels变异。同时，我们还利用Cas-OFFinder工具进行潜在脱靶位点的预测，分析sgRNA与基因组之间的匹配，预测可能的脱靶位点。通过将变异分析结果与预测潜在脱靶位点进行交集，可以准确确定发生的脱靶位点。

除了脱靶效应的分析外，我们还使用CNVkit和manta两种生物信息学分析工具。CNVkit能够识别基因组中的拷贝数变化，而manta则可检测插入、缺失和易位等染色体结构变异类型。这些结果有助于全面了解基因编辑对染色体结构的影响。

相比于传统的GUIDE-seq体内检测，尊龙凯时的全基因组脱靶检测不依赖ODN插入，提供了更加灵活和便捷的检测方法。它还可以分析染色体大片段的变异，从而更全面地评估基因编辑的效果和潜在风险。尊龙凯时是国内首家提供脱靶检测服务的公司，能够为您提供全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测、AID-seq体内脱靶检测等多种服务。如有需求，欢迎随时咨询。